一、合同备案基本程序：
经贸部门审批
--> 向海关服务中心购买空白《登记手册》
--> 合同预录入
--> 海关审核后开具《开设保证金台帐联系单》
-->  向中国银行申请设立台帐 ---> 海关核注银行签发的《台帐登记通知单》
--> 海关进行计算机异地传输 ---> 收到传输成功回执后核发《登记手册》。
二、合同备案所需单证：
1、经营单位申请报告。
2、外经贸主管部门《批准证》，属于进料加工的需要加盖税务部门印章。
3、对外签订的进出口合同。
4、经营单位基本帐户开立证明。
5、加工企业所在地经贸部门出具的《加工生产能力证明》。
6、委托加工应提供经营单位与加工企业签定的符合《中华人民共和国合同法》的委托加工合同（协议）。
7、开展异地加工贸易，须提供经营单位所在地海关出具的关封，内含《异地加工申请表》一式二份。
8、首次开展加工贸易须提供经营单位和加工企业的《营业执照》、《税务登记证》复印件及《海关登记通知书》。
9、经营单位的介绍信或委托书。
10、加工工艺说明。
11、如需异地口岸进出口报关，须填写《异地报关申请表》。
12、海关需要的其他资料。
注：1）海关对首次开展加工贸易的企业实行验厂制度；对单证齐全、验厂合格的企业，海关在3个工作日内核发《登记手册》。
2）办理加工贸易合同备案的企业属AA类的，免设台帐；属A类企业的，需设台帐，实行“空转”；属B类企业的，需设台帐，一般商品实行“空转”，限制类商品实行“实转”；属C类企业的，需设台帐，一律实行“实转”；D类企业不得开展加工贸易业务。经营单位与加工企业非同一分类的，海关按就低不就高的原则管理。对外商提供的进口辅料品种在规定范围内，且金额在5000美金以下的，免办手册，不纳入台帐管理。
三、办理5000美元以下78种客供辅料备案手续所需单证：
1、申请报告。
2、进口发票、装箱单（一式二份）。
3、出口合同（一式二份）。
4、经营单位介绍信或委托书。
四、合同核销
（一）基本流程：
合同执行完毕后一个月内企业向海关申请核销
--> 预录入
--> 海关审核
--> 签发《台帐核销联系单》
--> 中国银行销帐
--> 海关核销结案
--> 打印结案通知书。
注：企业必须在海关规定的期限内向海关办理核销手续。对无正当理由未向海关办理核销手续的，海关根据有关规定进行处罚。
（二）所需单证
1、经营单位申请核销报告。
2、进出口报关单。
3、《登记手册》。
4、海关需要的其他单证，如核算表、划料图等反映实际加工情况的资料。
五、合同变更和展期
（一）基本流程：
经贸部门审批
--> 向海关服务中心变更预录入
--> 海关审核
--> 签发《台帐变更联系单》
--> 中国银行台帐回执
--> 异地传输
--> 传输成功后打印合同变更审批表。
（二）所需单证
1、填写《合同变更申请表》或《合同延期申请表》，加盖经营单位公章。
2、变更、延期的合同。
3、外经贸主管部门的批准文件。
4、《登记手册》。
5、申请报告及海关需要的其他单证。
备注：对贸易性质不变、商品品种不变、合同变更金额小于1万美元（含1万美元）和按原审批合同延长加工期限不超过三个月的合同，直接到海关和中行办理变更手续，不再经外经贸易部门重新审批。合同展期应在《登记手册》有效期内向海关申请。
六、保税仓库货物管理
（一）入库货物应提供单证：
1、企业申请报告。
2、存入货物的合同。
3、发票、装箱单。
4、保税仓库货物审批表。
（二）出库货物应提供单证：
1、登记手册。
2、企业申请报告。
3、进口报关单。
4、保税仓库货物提取审批表。
（三）办理程序：
填写《保税仓库货物入（出）审批表》
─→海关审批
─→签发《保税仓库货物入（出）库单》
─→货主凭单办理报关手续。