感觉障碍

许多孤独症患者似乎都有一种或一种以上的感官损伤，这些损伤包括听觉、视觉、触觉、味觉、前庭觉、嗅觉和本体感觉。它们可能过度敏感或过度迟钝，例如患者因此常会发生耳鸣。其结果便可能造成孤独症儿童在信息输入时有困难，以致不能适当地接受外界的刺激。

感觉损伤也可能造成孤独症患者对正常刺激产生退缩的行为反应。举例来说，有些孤独症儿童会因为有触觉上的异常敏感，出于防御而避免与他人有任何身体上的接触；相反，有些孤独症儿童似乎更“渴望”被重压（在孤独症儿童的康复训练领域中，还因此发展出一套“拥抱”训练法)。在听觉敏感方面。大约40％的孤独症儿童会对某些特别的声音或频率感到不舒服，例如婴儿的哭声、电钻声或摩托车声等，这类孩子通常在听到这些声音时将耳朵捂起来，或变得不安．或勃然大怒。

认知能力异常

心理学研究表明，当一个人只是从他自己的视点来看世界时，他是不能了解别人的。许多孤独症儿童也同样不能了解和鉴别别人的想法、计划及自己所看到的景象。一种经常发生的现象是，当一个孤独症的孩子被要求拿出一张动物的图片给别人看时，他会将图片的背面朝向他人。这是因为孤独症孩子不懂得自己看到的内容和别人看到的内容可能不同。

大约10％的孤独症患者有超乎常人的特别技能．比如在音乐和艺术上表现出的天赋；还有就是表现在数字能力方面，有的人有超强的心箅能力，能够马上说出一道连加连减题目的结果，用几秒钟就推算出某年某月某日是星期几，或者是记住全部的航空时刻表和电话簿上的号码。

许多孤独症患者的注意力过于狭窄，这就是所渭的“刺激过度的选择”，也就是由于无法处理对于他们来说是太多的刺激，也无法将注意力选择在某个特定的信号上而忽视其他的刺激。他们的注意力通常是集中在某个事物的细节上，却忽视细节与事物整体的相关性。他们会只是注意到每块拼板的具体颜色而忽视了它们之间的关系；他们会因为只注意汽车的旋转部分（如轮胎），全然不知汽车开动可能会带来危险。当老师出示不同的卡片让孩子看时．他们可能因为仅注意到每张卡片的质感或形状而无法区别卡片画面上的不同物品。