关于孤独症的发生率有各种不同的统计报告，最常被引用的数字是0．45‰，这个数字是由美国和英国做的大规模统计得来的。此外，如果加上有孤独症行为倾向的人，人约1万人中有15～20个。有趣的是，孤独症的发生率在各国不尽相同，其范围从德国的0．2‰到日本的1．6‰。造成如此大差异的原因可能是各地的诊断标准不同，还有遗传基因或者生态环境的影响。孤独症发生率的男女比例是4：1，这样的差异不仅表现在孤独症上，其他许多发育性障碍也有男多女少的现象。

孤独症患者所表现出来的症状说明他们有明显的大脑损伤，即有生理疾病的基础；但对孤独症的致病原因，大脑的受损部位和损伤程度，现有的医疗检测手段尚无法提供明确的证据。因为孤独症的病因一直不为人所知，所以也常被称为“谜一般”的孤独症。虽然目前尚不能确切地知道导致孤独症的真正原因，但是有越来越多的研究证据显示，孤独症的成因有许多来源，即“多因素致病”。这一结论就意味着，各个孤独症孩子的致病原因可能是不同的，因而也可以解释为什么许多年来有很多人声称找到了一种可以治疗孤独症的方法，却没有一种治疗手段具有广泛的治疗效果。

从基因遗传的研究上可以知道孤独症有一定的遗传性。举例来说，同卵双胞胎同时患孤独症的可能性比异卵双胞胎要大，这是因为在同卵双胞胎的基因中有100％的基因重叠，在异卵双胞胎的基因中却只有60％的基因重叠。这种情况也发生在非双胞胎的兄弟之间，美国犹他州所做的一项调查显示．当父母双方的家族中有孤独症患者的病史时，孩子有孤独症或阅读障碍及抑郁症的可能性比正常人群大得多。

有证据显示某些病毒也会造成孤独症。在怀孕初期患过麻疹的孕妇，生下孤独症孩子的可能性较大。巨细胞病毒也和孤独症的发生有相当的关联。除此之外，某些特定的病毒和疫苗结合时，例如最近讨论正热的关于疫苗（麻疹、百日咳疫苗）注射也可能造成孤独症就是被质疑的因素。

虽然目前并没有科学上的证据支持，但是越来越多的案例显示，环境中的有毒物质和污染也会造成孤独症。在美国麻州的立奥曼斯特（Leomenster）这个小镇，孤独症的发病非常普遍，这里也是全美国孤独症发病率最高的地方，研究者发现，这个小镇正好位于一家太阳眼镜公司烟囱的下风处。